玛纳斯河发源于天山北麓依连哈比尔尕山，流向由南向北，全河长324km，流域总面积1.98万km2。流域平均宽度27.1km，多年平均年径流量13.25亿m3，主要支流是清水河和呼斯台郭勒河。本次水力发电规划的范围为：干流范围为肯斯瓦特水利枢纽水库回水至呼斯台郭勒河与玛纳斯河汇合口河段，河道长约42km，落差710m，河道平均纵坡16.9‰;支流清水河范围为肯斯瓦特水利枢纽水库回水至清水河与哲兰德汇合口河段，河道长约26km，河道平均纵坡31.5‰，利用落差820m。